W połowie czerwca 1943 r., Jan Karski przybył do Stanów Zjednoczonych, aby przedstawić prezydentowi USA Franklinowi D. Rooseveltowi oraz wpływowym środowiskom amerykańskim swój raport. Wydawało się, że przyjeżdża tam tylko na krótką misje dyplomatyczną. Okazało się, że został  do swojej śmierci w 2000 r.

Na spotkanie z prezydentem Rooseveltem emisariusz musiał czekać ponad miesiąc, do 28 lipca. Przez ten czas, Karski mieszkał w ambasadzie RP w Waszyngtonie - był gościem ambasadora Jana Ciechanowskiego. Wtedy też, Karski spotkał się z najważniejszymi amerykańskimi politykami i wpływowymi członkami diaspory żydowskiej, m.in. Felixem Frankfurterem, sędzią Sądu Najwyższego. Celem spotkań było zwrócenie uwagi na dramatyczną sytuację narodu żydowskiego w okupowanej Polsce. Niestety relacje Karskiego przyjmowano z niedowierzaniem.  Wreszcie 28 lipca ambasador Polski dostał przy śniadaniu list informujący, że prezydent Roosevelt chce widzieć jego i Jana Karskiego u siebie jeszcze tego samego dnia. Karski wytłumaczył Rooseveltowi całą sytuacje związaną z eksterminacją Żydów. Mimo braku większego zainteresowania ze strony prezydenta, Roosevelt zrobił na młodym emisariuszu ogromne wrażenie. Miał poczucie, że staje i składa raport przed „panem ludzkości”. Po spotkaniu z prezydentem Karski wrócił do Londynu, aby zdać relację ze swojej misji. Tam okazało się, że został rozszyfrowany przez Niemców, co uniemożliwiło mu zaplanowany już powrót do kraju. Postanowiono, że Karski wróci do USA już jako jawny pracownik ambasady RP.  W Stanach  miał napisać książkę, która przybliży sprawę polską obywatelom amerykańskim i poruszy opinię publiczną.
 Książką tą stało się "Tajne Państwo" („Story of a Secret State”). Karski opowiadał w niej o Polskim Państwie Podziemnym i swoich akcjach. Książka szybko stała się bestsellerem i została przetłumaczona na wiele języków. W Polsce została wydana dopiero w 1999 roku. Po wojnie Karski  brał udział w tworzeniu archiwum prezydenta Herberta Hoovera, dzięki któremu ocalały materiały placówek dyplomatycznych Państw będących po wojnie pod sowiecką strefą wpływów, między innymi polskich. Praca ta niezwykle ważna jest mało doceniana i mało znana.
Następnie podjął studia dyplomatyczne na Georgetown University i obronił prace doktorską w 1952 r. Przez kolejne 40 lat wykładał tam na Wydziale Służby Zagranicznej, stosunki międzynarodowe i teorię komunizmu. Wychował m.in. takich wybitnych amerykańskich polityków jak Bill Clinton, późniejszy prezydent USA, czy Stephen Mull , obecny ambasador USA w Polsce. W tym czasie Karski napisał także obszerną monografie zatytułowaną "The Great Powers & Poland, 1919-1945".
W 1965 r. ożenił się z Polą Nireńską, wybitną polską tancerką i choreografką pochodzenia żydowskiego. Aż do swojego udziału w filmie "Shoah" tylko nieliczni wiedzieli o jego wojennej misji. Sam Jan Karski uważał, że jego misja była nieudana, więc nie było się czym chwalić. Dopiero po premierze „Shoah” świat odkrył niesamowitą historie polskiego emisariusza. Jan Karski zmarł w Waszyngtonie 13 lipca 2000 r. Został pochowany obok swojej żony na waszyngtońskim cmentarzu Mont Olive. Podczas pogrzebu hołd Karskiemu oddali m.in. prezydent USA Bill Clinton oraz prezydent RP Aleksander Kwaśniewski. W kwietniu 2012 legendarny emisariusz został pośmiertnie uhonorowany przez Baracka Obamę Medalem Wolności, najwyższym cywilnym odznaczeniem w USA przyznawanym tylko raz do roku za wybitne zasługi dla USA i pokoju światowego. 29 maja 2012 r. w Białym Domu w imieniu Jana Karskiego z rąk Baracka Obamy Medal Wolności odebrał Adam Daniel Rotfeld, były minister spraw zagranicznych RP.